表1 纳入文献的基本情况
序号 | PMID1) |
菌株 来源2) |
菌株 数量3) |
序号 | PMID |
菌株 来源 |
菌株 数量 |
序号 | PMID |
菌株 来源 |
菌株 数量 |
1 | 10502914 | 台湾 | 50 | 18 | 17897230 | 河南 | 52 | 35 | 22325117 | 重庆 | 168 |
2 | 11601331 | 北京 | 45 | 19 | 18422555 | 浙江 | 49 | 36 | 22333499 | 广东 | 137 |
3 | 11758172 | 上海 | 17 | 10 | 18600483 | 北京 | 97 | 37 | 22553245 | 江西 | 77 |
4 | 11880449 | 大陆等① | 45 | 21 | 18642656 | 上海 | 66 | 38 | 22858446 | 台湾 | 22 |
5 | 12356458 | 河南等② | 193 | 22 | 18653966 | 四川 | 60 | 39 | 22931875 | 安徽 | 31 |
6 | 12490124 | 上海 | 23 | 23 | 18722102 | 北京 | 15 | 40 | 23149305 | 四川 | 214 |
7 | 12621089 | 台湾 | 63 | 24 | 19628903 | 广东 | 27 | 41 | 23208715 | 北京 | 24 |
8 | 12624020 | 上海 | 39 | 25 | 19725469 | 浙江 | 102 | 42 | 24326341 | 湖北 | 60 |
9 | 12734282 | 浙江等③ | 72 | 26 | 19799146 | 安徽 | 31 | 43 | 24419342 | 福建等④ | 128 |
10 | 14761721 | 上海 | 53 | 27 | 20008778 | 上海 | 241 | 44 | 24449341 | 广东 | 26 |
11 | 15196345 | 北京 | 70 | 28 | 20367954 | 甘肃 | 17 | 45 | 24574296 | 北京 | 65 |
12 | 15472360 | 湖北 | 56 | 29 | 20426983 | 安徽 | 34 | 46 | 24725975 | 上海 | 169 |
13 | 16496057 | 台湾 | 41 | 30 | 20491829 | 重庆 | 30 | 47 | 25040060 | 重庆 | 208 |
14 | 16776449 | 香港 | 214 | 31 | 20708497 | 天津 | 63 | 48 | 25465521 | 19省⑤ | 53 |
15 | 16954287 | 山东 | 55 | 32 | 20979796 | 上海 | 10 | 49 | 25566860 | 西藏等⑥ | 87 |
16 | 17061099 | 北京 | 73 | 33 | 22253562 | 浙江 | 46 | ||||
17 | 17402201 | 福建 | 47 | 34 | 22321711 | 北京 | 102 |
表2 3062株中国利福平耐结核杆菌rpoB基因531、526、516位点突变情况
531位点 | 526位点 | 516位点 | ||||||||||||
突变率顺位 | 突变类型 | AA变化 | N | % | 突变率顺位 | 突变类型 | AA变化 | N | % | 突变率顺位 | 突变类型 | AA变化 | N | % |
531单位点 | 526单位点 | 516单位点 | ||||||||||||
TCG/TTG | S/L | 1532 | 91.90 | CAC/GAC | H/D | 266 | 32.09 | GAC/GTC | D/V | 90 | 32.97 | |||
TCG/TGG | S/W | 66 | 3.96 | CAC/TAC | H/Y | 202 | 24.37 | GAC/GGC | D/G | 49 | 17.95 | |||
TCG/TAC | S/Y | 7 | 0.42 | CAC/CGC | H/R | 98 | 11.82 | GAC/TAC | D/Y | 31 | 11.36 | |||
TCG/TAT | S/Y | 6 | 0.36 | CAC/CTC | H/L | 73 | 8.81 | GAC/TTC | D/F | 6 | 2.20 | |||
TCG/TGT | S/C | 3 | 0.18 | CAC/AAC | H/N | 46 | 5.55 | GAC/AAA | D/K | 1 | 0.37 | |||
TCG/TTT | S/F | 3 | 0.18 | CAC/TGC | H/C | 18 | 2.17 | GAC/AAC | D/N | 1 | 0.37 | |||
TCG/ACG | S/T | 2 | 0.12 | CAC/CCC | H/P | 13 | 1.57 | GAC/ACC | D/T | 1 | 0.37 | |||
TCG/CAG | S/Q | 2 | 0.12 | CAC/TTC | H/F | 7 | 0.84 | GAC/CCC | D/P | 1 | 0.37 | |||
TCG/TAG | S/终止码 | 2 | 0.12 | CAC/CAG | H/Q | 5 | 0.60 | GAC/GCC | D/A | 1 | 0.37 | |||
TCG/TTC | S/F | 2 | 0.12 | CAC/GGC | H/G | 5 | 0.60 | 516+其它位点 | ||||||
TCG/ATG | S/M | 1 | 0.06 | CAC/GTC | H/V | 5 | 0.60 | GAC/GGC | D/G | 48 | 17.58 | |||
TCG/GCG | S/A | 1 | 0.06 | CAC/AGC | H/S | 3 | 0.36 | GAC/TAC | D/Y | 15 | 5.49 | |||
531+其它位点 | CAC/CTT | H/L | 2 | 0.24 | GAC/GCC | D/A | 10 | 3.66 | ||||||
TCG/TTG | S/L | 26 | 1.56 | CAC/GCC | H/A | 2 | 0.24 | GAC/AAC | D/N | 8 | 2.93 | |||
TCG/TGG | S/W | 6 | 0.36 | 526+其它位点 | GAC/GTC | D/V | 5 | 1.83 | ||||||
TCG/TTC | S/F | 3 | 0.18 | CAC/AAC | H/N | 21 | 2.53 | GAC/GTC | D/G | 2 | 0.73 | |||
TCG/TTG | S/L | 2 | 0.12 | CAC/TAC | H/Y | 16 | 1.93 | GAC/CAC | D/H | 1 | 0.37 | |||
TCG/ACG | S/T | 1 | 0.06 | CAC/CGC | H/R | 12 | 1.45 | GAC/GAA | D/E | 1 | 0.37 | |||
TCG/GGG | S/G | 1 | 0.06 | CAC/GAC | H/D | 12 | 1.45 | GAC/TTC | D/F | 1 | 0.37 | |||
TGC/TGT | C/C | 1 | 0.06 | CAC/CTC | H/L | 11 | 1.33 | GAC缺失 | Asn缺失 | 1 | 0.37 | |||
531位点总计 | CAC/CAG | H/Q | 4 | 0.48 | 516位点总计 | |||||||||
TCG/TTG | S/L | 1560 | 93.58 | CAC/CAA | H/Q | 3 | 0.36 | GAC/GGC | D/G | 97 | 35.53 | |||
TCG/TGG | S/W | 72 | 4.32 | CAC/ACC | H/T | 1 | 0.12 | GAC/GTC | D/V | 97 | 35.53 | |||
TCG/TAC | S/Y | 7 | 0.42 | CAC/AGC | H/S | 1 | 0.12 | GAC/TAC | D/Y | 46 | 16.85 | |||
TCG/TAT | S/Y | 6 | 0.36 | CAC/CCC | H/P | 1 | 0.12 | GAC/GCC | D/A | 11 | 4.03 | |||
TCG/TTC | S/F | 5 | 0.30 | CAC/CGA | H/L | 1 | 0.12 | GAC/AAC | D/N | 9 | 3.30 | |||
TCG/TGT | S/C | 4 | 0.24 | CAC/GCC | H/A | 1 | 0.12 | GAC/TTC | D/F | 7 | 2.56 | |||
TCG/TTT | S/F | 3 | 0.18 | 526位点总计 | GAC/AAA | D/K | 1 | 0.37 | ||||||
TCG/ACG | S/T | 2 | 0.12 | CAC/GAC | H/D | 278 | 33.53 | GAC/ACC | D/T | 1 | 0.37 | |||
TCG/TAG | S/终止码 | 2 | 0.12 | CAC/TAC | H/Y | 218 | 26.30 | GAC/CAC | D/H | 1 | 0.37 | |||
TCG/ACG | S/T | 1 | 0.06 | CAC/CGC | H/R | 110 | 13.27 | GAC/CCC | D/P | 1 | 0.37 | |||
TCG/ATG | S/M | 1 | 0.06 | CAC/CTC | H/L | 84 | 10.13 | GAC/GAA | D/E | 1 | 0.37 | |||
TCG/CAG | S/Q | 1 | 0.06 | CAC/AAC | H/N | 67 | 8.08 | GAC缺失 | Asn缺失 | 1 | 0.37 | |||
TCG/CAG | S/Q | 1 | 0.06 | CAC/TGC | H/C | 18 | 2.17 | |||||||
TCG/GCG | S/A | 1 | 0.06 | CAC/CCC | H/P | 14 | 1.69 | |||||||
TCG/GGG | S/G | 1 | 0.06 | CAC/CAG | H/Q | 9 | 1.09 | |||||||
CAC/GCC | H/A | 8 | 0.97 | |||||||||||
CAC/TTC | H/F | 7 | 0.84 | |||||||||||
CAC/GTC | H/V | 5 | 0.60 | |||||||||||
CAC/AGC | H/S | 4 | 0.48 | |||||||||||
CAC/CAA | H/Q | 3 | 0.36 | |||||||||||
CAC/CTT | H/L | 2 | 0.24 | |||||||||||
CAC/ACC | H/T | 1 | 0.12 | |||||||||||
CAC/CGA | H/R | 1 | 0.12 |
(下转第12页)(上接第9页)
在情况下,此种自然突变发生的频率可能增加[6]。这就说明:在危及细菌生命安全的情形之下,突变似乎并不完全随机,而有定向突变的倾向。这对我们深刻理解不同报道间上述位点突变率之间的差异也许有益。我们也许可以如此朴素地思维:531位的丝氨酸是RFP最为关键的作用的靶位,MTB在531位产生碱基突变是其最为直接和简化的"趋利避害"方式。另一方面,我们知道:在生物界中,各种生物采用较为通用的遗传达室法则,即应用64上可能的三联体密码子中的61个编码20种不同的氨基酸,为降低突变对物种变化的影响,一种氨基酸可能由几个密码子编码,编码同一氨基酸的多个密码子仅在第三位碱基上存在差异[7]。但我们可以从表2看到:MTB rpoB基因531、526、516三个位点发生同义突变(即单独第三碱基突变)的几率近乎为零,而多为第一、第二碱基的单碱基突变,这也说明MTB的耐药基因突变并非随机,而是以较为特定的方式。此种特定的方式我们可以总结为:①碱基突变多导致有义突变;②尽力避开其本身的基因复制"纠错机制",以单碱基突变为主。我们认为:在强大的抗结核药物环境压力下,MTB以此种最为"经济"而简约的方式达则可较高效率地达到基因突变的目标以利于其生存,符合生物进化的一般原则。此种推测是否妥当,有等更进一步的研究予以证实。
从表2还可看到:突变率最高的531位点碱基突变主类型较为单一,而526、516位 碱基突变主类型则相对分散。为何如此?目前我们不得而知。至于531、526、516位点与其它位点的联合突变,由于发生率不高,本文未进行详尽分析。这些都有待人们进行深入探索。
参考文献
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[2] 卓文基,刘志辉,钱 明,等.一线抗菌素结核药物不同耐药表型的利福平耐药结核杆菌rpoB基因突变分析[J].现代医院,2014,14(4):4-6.
[3] 孟繁荣,刘志辉,谢 贝,等. 我国利福平敏感结核杆菌rpoB基因利福平耐药定区序列循证分析[J]. 实用医学杂志, 2013,29(21): 3601-3604.
[4] 吴雪琼,张宗德,乐 军.分枝杆菌分子生物学[M].北京:人民军医出版社,2010:125-139.
[5] 王凤阳,杜 丽,何洪彬.细菌分子遗传学(原书第5版)[M].北京:科学出版社,2013:27-50.
[6] 唐神结,许绍发,李 亮.耐药结核病学[M]. 北京:人民军医出版社,2014:27-29.
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